在逃往西安的途中，多爾袞緊追不放。當(dāng)農(nóng)民軍途經(jīng)保定、定州等地 時(shí)，清軍又兩次擊敗農(nóng)民軍，并順勢(shì)奪取了山西。多爾袞在追擊農(nóng)民軍的 過程中，不斷告知當(dāng)?shù)毓賳T：“只要愿意為大清效力，原明廷官員仍可留用， 且清軍進(jìn)京以前發(fā)生的事情一概不予追究?！蓖瑫r(shí)，他還向百姓宣告：“昔 日大明子民，歸順大清后，大清王朝定不會(huì)虧待?！?/div>
多爾袞的這一舉措，贏得了原明廷官員及子民的擁護(hù)。在他的廣泛宣 傳下，清軍很快占領(lǐng)了河北、山東等地，大清的疆土在追擊農(nóng)民軍的過程 中不斷擴(kuò)大。
清軍進(jìn)入北京后，全國(guó)再度陷入四分五裂的局面。清軍控制著遼東、 山西、山東等地區(qū)；大順政權(quán)管轄著整個(gè)西北以及河南、湖廣部分地區(qū)； 張獻(xiàn)忠大西政權(quán)正在進(jìn)軍四川；此時(shí)。明廷南方的殘余部隊(duì)建立了弘光政權(quán)， 統(tǒng)治著中國(guó)南部地區(qū)。
清廷將國(guó)都從沈陽遷至北京，昭告天下，宣稱清廷是繼明之后的正統(tǒng)王朝，要求各方勢(shì)力以清朝為中心，聽從清廷的安排。然而，未經(jīng)戰(zhàn)爭(zhēng)， 各方勢(shì)力豈會(huì)輕易歸順?為此，多爾袞制定了長(zhǎng)期作戰(zhàn)方略： 先剿滅北方 的農(nóng)民軍，對(duì)南明政權(quán)以及南方農(nóng)民軍暫取不戰(zhàn)不和之策，待平定北方農(nóng) 民軍后，再征討南方各方勢(shì)力，以實(shí)現(xiàn)國(guó)家統(tǒng)一。
清廷定都北京后，推行了一系列統(tǒng)一國(guó)家的舉措。這年秋季，清廷任 命阿濟(jì)格為靖遠(yuǎn)大將軍，協(xié)同吳三桂、尚可喜等降清漢將，率領(lǐng)3萬兵馬 入陜，途中又調(diào)集宣府、大同等地的降兵，總兵力達(dá)8萬人，先攻取陜北， 而后南下進(jìn)攻西安。
與此同時(shí)，清廷命多鐸為定國(guó)大將軍，與降將孔有德、耿仲明等率2萬 馬兵，經(jīng)河南進(jìn)攻潼關(guān)。此外，豪格率領(lǐng)第三路清軍，進(jìn)攻河南與山東等地， 共同夾擊李自成的農(nóng)民軍。
為阻止清軍西進(jìn)，確保以西安為根據(jù)地，李自成的農(nóng)民軍在潼關(guān)設(shè)重 兵防守。此時(shí)，農(nóng)民軍雖屢遭敗績(jī)，但仍試圖反敗為勝。部分農(nóng)民軍先從 山西垣曲東下河南懷慶，連續(xù)攻克濟(jì)源、孟縣，并奪取了懷慶府。
清軍多鐸的軍隊(duì)立即趕往懷慶，農(nóng)民軍便即刻撤退。不久，多鐸部清 軍從孟津渡過黃河，連破洛陽、靈寶等地，直抵潼關(guān)，與阿濟(jì)格形成了南 北夾擊之勢(shì)。
李自成率軍增援潼關(guān)，農(nóng)民軍士氣一度高漲，但此時(shí)已陷入清軍的重 重包圍。多鐸在潼關(guān)大破農(nóng)民軍，李自成遂率主力連夜撤回西安。潼關(guān)被 清軍占領(lǐng)，清軍進(jìn)入西安的大門基本敞開。
阿濟(jì)格、吳三桂所率清軍進(jìn)入陜西后，兵分兩路： 一路圍攻據(jù)守榆林 的李過、高一功等農(nóng)民軍，切斷其退往西安的道路；另一路則由阿濟(jì)格、 吳三桂親自率領(lǐng)，直取西安。在清軍兩路重兵的合擊之下，李自成不得不 放棄西安，退往湖廣地區(qū)。
清軍占領(lǐng)西安后，阿濟(jì)格部繼續(xù)追擊農(nóng)民軍。此時(shí)，50萬農(nóng)民軍早已 軍心渙散、紀(jì)律松弛，在清軍的追擊下，于襄陽、九江等地連遭十三次敗仗， 徹底喪失了所有根據(jù)地。
李自成一路退至湖北通山縣九宮山，不幸遭到當(dāng)?shù)氐刂魑溲b襲擊而犧牲，大順政權(quán)就此徹底瓦解?？蓢@李自成啊，僅僅做了四十多天的皇帝， 就被清軍一路追剿，四處奔逃，最終丟了性命(另一種說法李自成未死， 而是到五臺(tái)山做了和尚，但并無史書記載可考證)。
農(nóng)民軍剩余的30多萬人馬，后來跟隨李過、李來亨等人與南明政權(quán)聯(lián)合， 繼續(xù)抗清。
